Η αντίδραση από τους Οθωμανούς ήρθε το Σεπτέμβριο του 1821, την 1η του μηνός, την «πρωτοσταυρινιά» όπως λένε οι ντόπιοι, όταν αποβιβάστηκαν στο νησί δύο χιλιάδες στρατιώτες υπό τον Τούρκο υποναύαρχο μπέη Καρά-Αλή. Η καταστροφή ήταν ολοκληρωτική. Η Σαμοθράκη μετατράπηκε σε κέντρο λεηλασίας, ζώνη θανάτου και ερείπια, και το νησί έμεινε ακατοίκητο για έξι χρόνια. Σφαγιάσθηκαν περίπου 10.000 άνδρες και αγόρια (κατ’ άλλες πηγές 8.000). Τα γυναικόπαιδα και όσοι σώθηκαν από την σφαγή πουλήθηκαν στα σκλαβοπάζαρα της Σμύρνης και της Κωνσταντινούπολης.
Εφτακόσιοι από τους κατοίκους που είχαν καταφύγει στα βουνά, οι Οθωμανοί τους έφεραν πίσω με δόλο δίνοντάς τους την εντύπωση ότι θα τους δώσουν χάρη. Όμως στην τοποθεσία «Εφκάς» στο κάστρο της πρωτεύουσας, της Χώρας, τους δολοφόνησαν όλους. Από τη μαζική αυτή δολοφονία, επέζησαν σύμφωνα με μαρτυρίες ξένων περιηγητών και του Σαμοθρακίτη ιερέα Γ. Μανωλάκη από 25 έως 30 οικογένειες, οι οποίες ζούσαν τα επόμενα χρόνια σε άθλια κατάσταση. Σημαντική μαρτυρία για το ολοκαύτωμα αποτελεί το έργο του Ίωνος Δραγούμη «Σαμοθράκη», ο οποίος διέσωσε το συμβάν, αλλά και την αναφορά για το τρυπημένο Ευαγγέλιο της εκκλησίας της Παναγίας στη Χώρα, το οποίο φυλάσσεται στο Εθνολογικό Μουσείο.
Σημαντική παράμετρος του ολοκαυτώματος αποτελεί και ο βίαιος εξισλαμισμός πολλών Σαμοθρακιτών, που κατέληξαν όπως αναφέραμε δούλοι. Πέντε από τους επιζώντες του ολοκαυτώματος γύρισαν το 1837 στη Σαμοθράκη και επέστρεψαν στην αρχική τους θρησκεία. Για αυτό το λόγο βασανίστηκαν και θανατώθηκαν στην απέναντι Θρακική ακτή, όπου μεταφέρθηκαν στο χωριό Μάκρη της Αλεξανδρούπολης. Η μνήμη τους τιμάται την Κυριακή του Θωμά και αποτελούν τους πέντε νεομάρτυρες (Μανουήλ Παλογούδας, Θεόδωρος Δημητρίου, Γεώργιος Κουρούνης, Γεώργιος Καλακίκος και Μιχαήλ Κύπριος), τα λείψανα των οποίων υπάρχουν στην εκκλησία της Παναγίας στη Χώρα και στις εικόνες στις εκκλησίες του νησιού απεικονίζονται με φουστανέλες.
Το ολοκαύτωμα της Σαμοθράκης παρέμεινε άγνωστο και η τυπική αναφορά στη θυσία των κατοίκων της στην εθνική παλιγγενεσία, αναγνωρίστηκε από την Ακαδημία των Αθηνών μόλις το 1980. Την καταστροφή της Σαμοθράκης την απεικόνισε πολύ χαρακτηριστικά ο Γάλλος Αύγουστος Βινσόν (Αuguste Vinchon) ο οποίος λίγο αργότερα ζωγράφισε ένα πίνακα με θέμα τη σφαγή της Σαμοθράκης, που βρίσκεται στο Λούβρο.
Πηγές
Για το Ολοκαύτωμα της Σαμοθράκης περισσότερα στα βιβλία, "Σαμοθράκη: Ιστορία, Αρχαιολογία, Πολιτισμός", επιμέλεια: Στράτος Ν. Δορδανάς - Θεοφάνης Μαλκίδης, εκδόσεις: Επίκεντρο 2008 και "Σαμοθράκη – Ιερά νήσος" του Γιώργου Λεκάκη, εκδόσεις: Ερωδιός.